核酸试剂灌装机一般为灌装-封口“二合一”型，如玻璃试剂瓶的压盖机、PEP瓶的拧盖机和旋盖机，供饮水机使用的则为冲洗-灌装-封口的“三合一”机械，步进式直线灌装。
核酸试剂灌装机在灌装前先检查一下瓶颈夹持、瓶口中心与灌装头对位系统，有误差先作调整，具体调整的方法如下：
在灌装头下方的运输带上密排一批灌装数目的瓶子，将前门气缸和后门气缸移至刚好将一批瓶拦住的位置。移动灌装头的位置，使各灌装头分别与所灌装的瓶口中心对准，上下调节灌装头的高度，使运输带上的瓶子能刚好顺利地通过灌装头。运输带的宽度按瓶子尺寸调整，让瓶子刚好能顺利通过运输带。
1.灌装头位置调整
将灌装机的灌装头高低调节到灌装嘴离瓶口适当的高度，松开固定灌装阀的螺丝，移动架上的灌装头。分别对准要灌装的瓶口，灌装嘴要求垂直朝下，将各灌装头固定锁紧。如果所灌瓶子太小，不能密排灌装时，可以采用隔瓶灌装的方法来调整灌装头的位置。将后面半数的灌装头移到要灌装的批量的单数瓶位置并固定下来，后门的位置不变，前门移动到后面13个瓶的前面。这样就是当批灌装该批的单数瓶子，下一批灌装的是该批的双数瓶子和下一批的单数瓶子，每批出来的都是一个批量数，而且单数和双数都已经灌装了，以其灌装速度和密排灌装是一样的。
2.进出瓶电眼位置调整
原则上进出瓶检测光电都要放在灌装头所覆盖的范围以外，以避免灌装物料对电眼的污染，这是必须遵守的大前提。另外进出瓶计数光电都必须满足瓶到时亮，两瓶之间灭的状态才能计数，它可以通过调整光电与反射板的相对位置来达到要求。如果调整比较困难，可将光电对准瓶颈，这样计数就会更为准确。对于光纤放大器的电眼，还可以用调整放大器的放大倍数去达到调整的目的。