全自动微孔过滤机使用前必须检查配件和密封圈是否齐全，有无损坏，然后按要求把它装好。新的过滤器必须用清洁剂清洗干净洗净后用高温蒸汽杀菌、消毒、洗净的滤器要放好，避免污染。在微孔过滤机的安装时进出口不要接反，管道滤器底板边上的口是液体进口处，管道接在滤芯插口的管子是干净液体出口处。新的滤芯是生产厂家在洁净的生产厂房内用塑料袋封装的未使用切勿撕破塑料包装，使用要求较高的滤芯，安装好后要经过高温蒸汽杀菌消毒。
1、全自动微孔过滤机的过滤操作
打开排气阀门，并徐徐打开进料阀门，引入待滤料液，当排气阀门有料液流出时，立即关闭排气阀们，并徐徐开启出料阀门。
在过滤初期，由于滤芯还很干净，过滤速度也很快，所以过滤器内压一般维持在0.05-0.1mpa即可。随着时间的推移，为了维持适当的过滤率，可逐步调高器内压力，但过滤器内的大压力均不能超过不同材质滤芯所允许的大操作压力。
当内压力已经较高，而过滤速度又减慢得较多时，就应停上过滤操作，并对过滤器进行清晰了。
2、全自动微孔过滤机滤芯的反冲洗
①对于矿泉水以及水处理中的精滤，反冲时可选用清洗进行反冲，再用终端过滤的洁净水反冲后，即可再投入生产。
②对于啤酒、饮料等发酵料液和含糖料液的过滤，建议先采用经过预处理的洁净无油压缩空气反吹，然后再清水发冲，再用经终端过滤的洁净水反冲干净后，即可再投入生产。
③滤芯适应时间已经较长，用上述方法反冲后，其过滤速度仍然复不得够理想时，即可将滤芯卸下，放入浓度为2-4%的NaOH溶液浸泡4-8小时，在用经终端过滤的洁净水冲洗至无残留。清水冲洗至无残留清洁剂，然后进行安装。
④安装完毕后，应用蒸汽对过滤系统进行一次全面消毒，所用蒸汽压力不得高于0.15mpa，消毒时间20分钟。消毒后还要全面检查系统内所有紧固螺栓有否松脱，并予以重新紧固。
⑤用蒸汽消毒前，必须先将蒸汽管道的汽凝水排尽，若全自动微孔过滤机内有滤气体必须行除湿；如果是过滤压缩空气，还应该先将压缩空气脱油，然后才能进行过滤。
一般来讲，全自动微孔过滤机在操作一段时间后压力会逐渐升高。当压差到达0.015mpa时，就应该停止操作，待清洗完毕后，再安装好继续进行操作。