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水域自净微生物菌群是一个复杂的系统，相互依存，协同作用，任何生态环境的改变都将导致自净功能的受损，直至不可逆转。水域中的微生物大都是依附生存，有些依附于植物，有些依附于底泥，有些附生于固体表面，有些因另外某种微生物的存在而共生。

水域的生态修复是一个系统的、综合的、协同作用的过程。本案所说的利用沉水植物快速修复受损水体，其实质就是通过恢复植物群落，提供生物生存环境，通过微生物来消解污染，通过底栖动物及节肢动物清理残体实现自净，再利用食物链顶层结构来控制下层链组织。

水域生态不是单一的群落聚合，而是生物链的完善与循环。因此，水质保障过程中，各生物种群的完善非常有必要。通过图2可知，水域生态链实质就是一条完整的食物链，完善链群之间的关系是水质保障的关键所在。